Ondanks de vele positieve eigenschappen is er ook een aantal punten waarop de Sony A6000 teleurstelt. Ten eerste is het LCD-scherm niet aanraakgevoelig. In een tijd waarin touchscreens standaard zijn, moet je nu vertrouwen op fysieke knoppen en de elektronische zoeker om het focuspunt te selecteren. Dit is niet per se een groot probleem, maar het zou het gebruik gemakkelijker maken, vooral voor beginnende fotografen.
De videokwaliteit en -functies zijn eveneens gedateerd. De A6000 filmt in Full HD 1080p, maar slechts in 60i of 24p; 60p ontbreekt in de AVCHD-modus en is alleen beschikbaar in MP4 met lagere bitrate. Er is geen 4K, wat in deze prijsklasse tegenwoordig gebruikelijk is, en de camcorderfuncties zijn beperkt, zoals geen externe microfoonaansluiting. Voor serieuze videografen is dit een gemis, maar voor de meeste gebruikers die af en toe een video opnemen is het nog steeds prima.
De behuizing voelt wat plastic-achtig aan en is niet stof- of spatwaterdicht. Als je vaak in uitdagende weersomstandigheden fotografeert, moet je extra voorzichtig zijn. Ook de grip is niet erg groot, waardoor de camera minder comfortabel in de hand ligt bij langere sessies, vooral met de telelens. Verder is de accuduur met circa 360 opnamen per lading niet bijzonder; het is verstandig om een extra accu aan te schaffen.
Een definitief minpunt is het menu. Sony's menu-structuur staat erom bekend overzichtelijk maar verwarrend te zijn, met veel opties en submenu's. Het kost tijd om de weg te vinden en sommige instellingen zijn moeilijk te bereiken. Hoewel je de Fn-knop kunt gebruiken voor snelle aanpassingen, blijft het een leercurve.